淋菌性咽炎主要由淋病奈瑟菌感染引起，一般可采用抗生素治疗。通常选用头孢曲松等药物，一般规范治疗后能取得较好效果。
药物选择原则
头孢类抗生素： 头孢曲松是常用的治疗淋菌性咽炎的药物，它属于第三代头孢菌素，对淋病奈瑟菌有较好的抗菌活性。通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。另外，头孢噻肟也可用于治疗淋菌性咽炎，同样是通过干扰细菌细胞壁合成来达到杀菌效果。大环内酯类药物： 阿奇霉素也可用于淋菌性咽炎的治疗，但相对头孢类药物，其对淋病奈瑟菌的抗菌效果可能稍弱一些。阿奇霉素是通过与细菌核糖体结合，抑制细菌蛋白质合成来发挥作用。
治疗中的注意事项
性伴侣同时治疗： 淋菌性咽炎患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，因为在性行为过程中很容易相互传染，若不同时治疗，治愈后再次接触仍会感染复发。一般建议性伴侣在患者治疗期间避免性行为，并进行相关检查，必要时一同接受治疗。治疗后复查： 在完成治疗后，通常需要进行复查，一般在治疗结束后1 - 2周进行淋球菌的相关检查，如尿道或咽部分泌物涂片镜检及培养等，以确定是否治愈。如果复查结果仍为阳性，可能需要调整治疗方案。
特殊人群需谨慎
孕妇患者： 孕妇感染淋菌性咽炎时，用药需格外谨慎。应选择对胎儿影响较小的药物，头孢曲松相对较为安全，而阿奇霉素在孕妇中的使用需要严格评估利弊后再决定是否使用。因为孕妇的生理状况特殊，药物可能会通过胎盘影响胎儿发育，所以必须在医生的严密监测下选择合适的治疗方案。肝肾功能不全者： 对于肝肾功能不全的淋菌性咽炎患者，使用抗生素时需要调整剂量或选择合适的药物。例如，头孢曲松主要通过肾脏排泄，肾功能不全者使用时需要根据肾功能情况调整用量；大环内酯类药物如阿奇霉素，也可能在肝肾功能不全时影响药物代谢，需要医生根据具体的肝肾功能指标来制定个性化的治疗方案，以避免药物在体内蓄积产生不良反应。