做肠镜通常不会感染传染病。
一、在进行肠镜检查前，所使用的仪器和工具都会经过严格消毒处理。当前，肠镜消毒主要采用器械消毒的方式，能够有效杀灭艾滋病、梅毒、乙肝、丙肝等血源性传染疾病的病原体。
二、医院在为患者做肠镜检查时，会对患者进行传染病相关检查，像艾滋病、梅毒、乙肝、丙肝等疾病都会检查。这样一来，对于患有传染病的患者，医生会使用专门的器械进行检测，从而能够防止交叉感染。
三、患者应选择正规医院进行检查，一般就不会出现传染病传播的情况。
四、患者在做肠镜之前，要注意一些事项。在检查的前三天，饮食应尽量以清淡易消化为主；在做肠镜检查前6个小时要避免饮食和喝水；同时要在医生的指导下口服泻药，将肠道清理干净，如此才能保证肠镜检查的准确度。
总之，只要做好各项准备和措施，选择正规医院，做肠镜检查是比较安全的，不必过于担心传染病感染的问题。