婴儿乳糖不耐受主要表现为消化系统相关症状。一般来说，婴儿乳糖不耐受时，多数会出现腹泻症状，每天腹泻次数可能达到数次甚至十几次，大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块。
胃肠道方面的表现
腹泻表现： 婴儿乳糖不耐受最常见的胃肠道表现就是腹泻。通常大便次数较多，一天可能有3 - 8次不等，大便性状较稀，可能伴有泡沫。例如有的婴儿乳糖不耐受时，大便呈黄色稀便，带有较多泡沫。腹胀表现： 婴儿还可能出现腹胀情况，肚子看起来鼓鼓的。这是因为肠道内未消化的乳糖在肠道细菌作用下发酵产气，导致肠道积气，引起腹胀。有的婴儿会因为腹胀而出现哭闹不安的情况。
其他系统可能出现的表现
哭闹不安： 由于肠道不适，婴儿可能会频繁哭闹。因为腹泻和腹胀带来的腹部不适会让婴儿感觉难受，所以通过哭闹来表达。比如婴儿乳糖不耐受时，可能会在喂奶后不久就开始哭闹，难以安抚。呕吐表现： 部分婴儿乳糖不耐受还可能出现呕吐症状。这是因为肠道功能紊乱，影响了消化和吸收，导致胃内食物不能正常消化排空，从而引起呕吐。不过呕吐情况相对腹泻和腹胀来说不是最常见的表现。
不同类型乳糖不耐受的特殊表现
先天性乳糖不耐受： 这种情况比较罕见，婴儿在出生后进食母乳或牛乳后数小时内就会出现呕吐、腹泻、脱水等严重症状，而且症状出现时间较早，出生后不久就会有明显表现。继发性乳糖不耐受： 多是由于婴儿肠道感染等原因导致肠黏膜受损，从而引起乳糖不耐受。此时除了有乳糖不耐受的一般表现外，还可能伴有原发病的一些表现，比如肠道感染引起的发热等症状（如果存在肠道感染的话）。