儿童贫血的原因有多种。其中，营养性贫血较为常见，比如缺铁性贫血，是因为儿童饮食中铁摄入不足导致的，像1岁 - 3岁的幼儿，如果长期只喝牛奶，而辅食中含铁食物添加过少，就容易发生缺铁性贫血。还有巨幼细胞贫血，多是由于缺乏维生素B12和叶酸引起，若儿童饮食中缺乏富含这些营养素的食物，如动物肝脏、绿叶蔬菜等，就可能出现这种情况。
造血原料缺乏导致的贫血
铁摄入不足： 婴儿在4 - 6个月后，从母体获得的铁逐渐耗尽，若此时饮食中没有及时添加富含铁的食物，像强化铁的米粉、红肉等，就易引发缺铁性贫血。一般1岁以内婴儿每天需要摄入约10毫克铁，而通过食物获取往往不够。维生素B12和叶酸缺乏： 维生素B12参与DNA合成，叶酸也对细胞分裂很重要。如果儿童长期素食，且其他富含维生素B12和叶酸的食物摄入少，就会缺乏这两种物质。例如长期不吃肉类、蛋类、绿叶蔬菜的儿童，患巨幼细胞贫血风险增加。
疾病因素引起的贫血
慢性疾病： 一些慢性感染性疾病，如慢性肺炎等，会影响儿童的造血功能。炎症会干扰铁的代谢和利用，导致铁利用障碍性贫血。溶血性贫血： 某些遗传因素可能导致红细胞膜、酶或血红蛋白结构异常，引起红细胞破坏过多。比如遗传性球形红细胞增多症，患儿红细胞容易破裂，导致贫血。还有一些感染、药物等因素也可能诱发溶血性贫血，如某些细菌感染或服用了特定药物后，红细胞被破坏加速。
骨髓造血功能异常导致的贫血
再生障碍性贫血： 是骨髓造血干细胞和骨髓微环境损伤所致的贫血。儿童可能因接触某些有害物质，如苯、甲醛等化学物质，或者感染某些病毒后引发骨髓造血功能低下，表现为全血细胞减少，出现贫血、出血、感染等症状。纯红细胞再生障碍性贫血： 骨髓中红细胞系列选择性再生障碍，主要表现为贫血。病因可能与先天性因素有关，也可能是后天感染、自身免疫等因素引起，导致红细胞生成减少。