马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般规范治疗能取得较好效果。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可用于清洗患处，它能抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时取适量洗剂涂抹在患处，轻轻按摩后冲洗干净，一般建议每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，直接涂抹在皮损处，能起到抗真菌作用，每天使用1次即可，持续使用数周，直到症状消失。
口服抗真菌药物情况
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药物，它可以抑制马拉色菌的细胞色素P450，影响其细胞膜合成。但使用伊曲康唑时需要注意，肝功能异常者要谨慎使用，一般按照医生规定的剂量服用，通常需要服用数周时间。氟康唑：也是口服抗真菌药，通过干扰真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌生长。不过，孕妇和哺乳期女性一般不建议使用氟康唑，儿童使用也需要严格遵循医生指导。
日常护理要点
保持皮肤清洁干燥：马拉色菌喜欢在温暖潮湿的环境中生长，所以要经常洗澡，保持皮肤清洁。洗澡后要及时擦干身体，尤其是容易出汗的部位，如背部、胸前等。建议每天用温水洗澡，水温不宜过高，以免刺激皮肤。避免搔抓：搔抓患处可能会导致皮肤破损，从而加重感染，还可能引起感染扩散。所以要尽量避免用手搔抓毛囊炎部位，如果觉得瘙痒难忍，可以在医生指导下使用一些止痒药物。注意衣物材质：穿着宽松、透气的棉质衣物，避免穿紧身、不透气的化纤衣物，这样可以减少皮肤与衣物之间的摩擦，也有利于皮肤保持干燥，减少马拉色菌的滋生。