孕39周小腹隐隐作痛的原因包括腹部着凉、假性宫缩、胎动以及产前症状等。以下具体分析：
一、腹部着凉：
如果没有重视腹部的保暖，当腹部着凉后，可能会引发肠道平滑肌收缩痉挛，进而导致小腹隐隐作痛。可通过热毛巾热敷腹部，并加强腹部保暖，通常这种情况大多可得到缓解。
二、假性宫缩：
在孕39周时，因孕激素水平上升，子宫肌肉变得敏感，容易出现假性宫缩，从而引起小腹隐隐作痛。其疼痛通常无规律性，一般经卧床休息后症状能够减轻，同时要注意避免过度劳累。
三、胎动：
此时胎儿力量较大，在宫内活动时冲击到腹壁，可能就会出现小肚子隐隐作痛的情况，通常无需进行特殊处理。
四、产前症状：
孕39周胎儿已发育成熟，提前1至2周分娩属于正常现象。如果小腹隐隐作痛比较有规律，同时伴有阴道流血，那么很可能是即将分娩，应及时前往医院待产。
总之，孕39周出现小腹隐隐作痛时，要根据具体情况进行分析判断，必要时及时就医，以确保母婴安全。