三叉神经痛的病因主要分为原发性和继发性两类。原发性三叉神经痛目前认为主要是由于三叉神经根部受到血管压迫，大约有90%左右的原发性三叉神经痛是由血管压迫引起的。继发性三叉神经痛则是由其他病变导致，比如颅内肿瘤、囊肿等病变压迫三叉神经，这类情况相对原发性来说占比约为10%左右。
原发性三叉神经痛的诱因
血管压迫因素： 随着年龄增长，颅内血管发生生理性迂曲、硬化等变化，就容易压迫三叉神经。一般40岁以上人群发生血管压迫导致三叉神经痛的概率相对更高。血管搏动长期刺激三叉神经，会使得神经传导异常，从而引发疼痛。神经脱髓鞘改变： 三叉神经感觉根部分神经纤维出现脱髓鞘现象，正常的神经传导被打乱，神经之间容易发生“短路”，使得轻微的刺激也能引发强烈的疼痛信号传导，导致三叉神经痛发作。
继发性三叉神经痛的病因
颅内肿瘤： 像听神经瘤、脑膜瘤、胆脂瘤等颅内肿瘤，当它们生长到一定大小，就会压迫三叉神经。例如桥小脑角区的肿瘤，很容易压迫三叉神经引起疼痛，这类肿瘤引起的三叉神经痛占继发性三叉神经痛的相当一部分比例。颅内囊肿： 蛛网膜囊肿等颅内囊肿病变，会占据颅内空间，对周围的三叉神经造成压迫，进而引发三叉神经痛。囊肿不断增大，对三叉神经的压迫也会逐渐加重，疼痛可能会变得更加频繁和剧烈。