女性肚子两侧出现隐隐作痛的情况，其原因可能有多种。一是可能由于剧烈运动后局部肌肉拉伤，常见于进行某些双侧健身运动时，通常经充足休息可逐渐缓解；若排除此因素，还可能是由妇科疾病或泌尿系统疾病所导致。
一、妇科疾病：
1.子宫内膜炎：主要因子宫内膜存在创伤，细菌进入创面引发感染。患者会感到肚子两侧乃至整个下腹部疼痛，同时伴有白带增多。可在医生指导下使用甲硝唑、青霉素、克林霉素等药物来消除炎症，若病情严重出现宫腔积脓时，可进行手术引流。
2.双侧输卵管炎：通常由细菌、支原体、衣原体感染引起。当两侧输卵管出现炎症时，可能导致女性下腹部坠痛以及阴道分泌物增加。可在医生指导下使用头孢呋辛进行治疗，若药物治疗效果不佳且无生育要求，可给予手术切除输卵管。
3.子宫肌瘤：这是由子宫平滑肌细胞增生形成的肿瘤，多为良性，发病机制复杂，与激素、生长因子、遗传学等多方面有关。无症状的子宫肌瘤患者一般无需治疗，定期复查即可，但部分患者会出现肚子两侧疼痛，并伴有月经量增多、经期异常、白带增多等症状，此时需及时就医，可行子宫切除术、肌瘤切除术、介入治疗等。
二、泌尿系统疾病：
1.尿路感染：多因感染革兰阴性杆菌所致，会出现尿频、尿急、尿痛以及肚子两侧、腰部疼痛的情况。可使用敏感抗生素如阿莫西林、左氧氟沙星等进行治疗。
2.肾结石：女性若双肾有结石，也会出现肚子胀痛的情况，还可能伴有血尿等症状。若疼痛剧烈，可使用阿托品等解痉药物以及布洛芬、吲哚美辛等消炎止痛药，另外可使用坦索罗辛促进结石排出。若结石较大，还可行体外冲击波碎石术、输尿管镜碎石取石术。
总之，当女性出现肚子两侧隐隐作痛时，应及时就医明确诊断，根据具体原因采取相应的治疗措施。