怀孕两个月出现阴道流血且伴有咖啡色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，胚胎着床不稳固，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素都可能导致先兆流产，出现阴道流血。此时需要注意休息，避免性生活，同时尽快就医，医生可能会建议进行孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检查，并根据检查结果决定是否需要保胎治疗，如口服黄体酮、地屈孕酮等孕激素。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，胚胎在输卵管等部位生长，随着胚胎的发育，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。宫外孕的典型症状是停经后阴道流血和腹痛，需要及时就医，通过超声检查等明确诊断，并采取相应的治疗措施，如手术或药物治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种异常妊娠，是由于妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生，间质高度水肿，形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄。葡萄胎患者会出现停经后阴道流血，多为反复大量流血，可排出水泡样组织。确诊葡萄胎后，需要进行清宫手术，并定期复查，以排除恶变的可能。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜增生形成的赘生物，质地脆弱，触碰后容易出血。息肉较大时，也可能导致阴道流血。如果孕前检查发现有宫颈息肉，孕期可能会出现流血的情况。需要就医，由医生进行息肉摘除术。
5.其他：胎盘前置、胎盘早剥等也可能导致孕期阴道流血。
总之，怀孕两个月出现阴道流血需要引起重视，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。