脑干血栓有治好的可能，但预后情况因多种因素而异。
一、病情轻重影响预后
若脑干血栓范围小、症状轻，经过及时有效的治疗，有较大机会恢复较好，甚至临床治愈。但如果脑干血栓范围大，病情严重，可能会遗留严重后遗症，甚至危及生命。
二、治疗时机很关键
发病后尽快就医接受正规治疗至关重要。在发病早期（通常是4.5 - 6小时内符合溶栓指征时）若能进行溶栓等及时治疗，可改善预后，增加治好的几率；若错过最佳治疗时机，治疗效果会大打折扣。
三、个体差异的作用
不同患者的身体状况、基础疾病等个体差异也会影响预后。例如，年轻且基础健康状况良好的患者相对更有可能从脑干血栓的治疗中获得较好转归；而本身有多种基础疾病的老年患者，预后可能相对较差。
四、康复治疗不可忽视
即使病情得到一定控制，后续的康复治疗也非常重要。通过系统的康复训练有助于患者神经功能的恢复，提高生活质量，部分患者可在康复治疗后显著改善症状，但康复过程需要长期坚持。