灰指甲治疗方法多样，常用的外用药物有阿莫罗芬搽剂等，一般需要连续使用数月。比如阿莫罗芬搽剂每周使用1 - 2次，坚持使用数月才有较好效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹该搽剂，每周使用1 - 2次，通常需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏：此乳膏对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌有抑制作用。可直接涂抹在病甲周围的皮肤上，每天使用1 - 2次，持续使用一段时间来对抗灰指甲的真菌感染。
口服药物治疗
伊曲康唑：它是一种合成的三氮唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成。一般采用冲击疗法，即冲击治疗期间每天服用2次，每次200mg，连服1周，停药3周为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。但使用伊曲康唑前需要检查肝功能，肝功能异常者不宜使用。特比萘芬：这是一种丙烯胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长繁殖。通常成人每次250mg，每天1次，疗程一般为2 - 3个月，指甲癣疗程相对长一些，趾甲癣可能需要更长时间。不过，有肝病史的人使用时要谨慎。
手术治疗
拔甲术：过去常用拔甲术治疗灰指甲，但现在应用相对减少。拔甲术是将病甲拔除，不过术后恢复需要一定时间，而且拔甲后新长出来的指甲也有可能再次被真菌感染，并且拔甲过程会有一定痛苦，术后还需要配合外用或口服抗真菌药物来预防复发。激光治疗：激光治疗灰指甲是利用特定波长的激光破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗间隔一定时间。激光治疗相对痛苦较小，但费用可能相对较高，而且不是所有灰指甲患者都适合激光治疗，需要医生评估病情后决定是否采用。