肝上长囊肿的成因较为多样，其中先天性因素较为常见，约有90%的肝囊肿是先天性的，这是因为胚胎发育时期胆管发育异常所导致，这类囊肿通常是单个或多个小囊肿逐渐形成。
先天性发育异常导致
胆管发育异常： 在胚胎时期，胆管的发育出现异常情况，使得胆管发生局部扩张，进而形成囊肿。这种异常可能是在胚胎早期胆管树分支紊乱等原因引起的。遗传因素影响： 部分先天性肝囊肿具有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有肝囊肿，那么其他人患肝囊肿的风险可能会相对增加，但具体的遗传方式还不是完全明确。
创伤因素相关
外伤导致： 当肝脏受到外力撞击等创伤时，可能会引起肝脏局部的小血肿或者组织坏死，之后逐渐形成囊肿。比如腹部受到严重的撞击伤后，就有可能引发肝囊肿。一般这种因外伤导致的肝囊肿相对较少见，但也是一个可能的因素。医源性创伤： 在一些肝脏相关的手术操作过程中，如果对肝脏组织处理不当，也可能导致局部组织形成囊肿。例如肝部分切除术后，局部组织的修复过程中可能出现异常，进而形成囊肿。
寄生虫感染引发
肝包虫病： 这是由于感染细粒棘球绦虫所致。当人摄入了含有棘球绦虫卵的食物后，虫卵在体内孵化，幼虫会迁移到肝脏等部位，逐渐形成囊肿。在畜牧地区，这种因寄生虫感染引起肝囊肿的情况相对较多见。比如在一些经常接触牲畜的人群中，感染肝包虫病导致肝囊肿的风险会增高。