月经颜色呈褐色且伴有难闻味道，可能是由外阴阴道假丝酵母菌病、滴虫性阴道炎、宫颈炎等原因导致。以下具体分析：
一、外阴阴道假丝酵母菌病：假丝酵母菌可通过多种间接接触方式传播，如与假丝酵母菌感染患者共用公共厕所坐便器、浴盆、浴池、毛巾等不洁用品。当患上外阴阴道假丝酵母菌病后，会导致阴道出现黄色分泌物，长期如此可能出现月经颜色呈褐色且有难闻味道的情况。治疗上主要为抗真菌治疗，外用药物如克霉唑栓剂、制霉菌素栓剂等，内服可选择氟康唑分散片来治疗外阴阴道念珠菌病等。
二、滴虫性阴道炎：这是由阴道毛滴虫引起的常见阴道炎，主要通过性交直接传播，还常伴有瘙痒、外阴烧灼、疼痛、性交痛等表现。月经颜色呈褐色且有难闻味道可能是滴虫性阴道炎引起。饮食上宜清淡，局部用药常用的有甲硝唑栓、替硝唑阴道泡腾片等，可快速缓解症状；全身用药常用的有甲硝唑凝胶、替硝唑凝胶等，可有效杀灭阴道毛滴虫。
三、宫颈炎：一般指女性宫颈发生炎症，主要与病原菌感染、长期刺激、宫颈细胞损伤等有关，也可能与分娩、流产或手术损伤宫颈有关，会表现出白带增多、瘙痒等症状。此外，炎症介质释放入内裤上，也可能导致月经颜色呈褐色且有难闻味道。可通过温水清洗外阴并更换内裤来改善，物理治疗是常用的有效方法，如激光、冷冻、红外线凝结、微波以及宫颈聚焦超声治疗等，一般创面愈合大概需要3至4周，病变较深者约需6至8周。药物方面有保妇康栓、康妇凝胶、妇炎平栓、妇炎灵栓等。
如果月经颜色呈褐色且有难闻味道的症状持续未好转，建议及时前往医院就诊，药物应在医生指导下服用。