儿童软疣主要通过局部治疗来改善，其中液氮冷冻治疗较为常用，一般经过1 - 3次冷冻处理，多数儿童软疣可消退。
局部物理治疗方法
液氮冷冻： 利用低温使软疣小体坏死脱落。医生会用棉签蘸取液氮，涂抹在软疣表面，每次冷冻可能会有轻微疼痛，一般儿童能耐受，通常间隔2 - 3周可进行下一次冷冻。刮除术： 医生用消毒后的刮匙将软疣小体刮除，操作时要注意彻底清除，之后局部涂抹碘伏预防感染，刮除后要保持局部清洁干燥。
药物辅助治疗情况
斑蝥素： 可以涂抹在软疣表面，通过对表皮的刺激作用来去除软疣，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，儿童使用需谨慎，可能会引起局部炎症反应。三氯醋酸： 具有腐蚀作用，能使软疣组织坏死脱落，但使用不当可能会损伤正常皮肤，儿童使用时要严格控制剂量和范围。
家庭护理注意事项
保持皮肤清洁： 要让儿童勤洗澡，保持皮肤干净，洗澡时避免用力搓揉，防止软疣部位皮肤破损加重感染。避免搔抓： 要告诫儿童不要用手搔抓软疣部位，因为搔抓可能会导致软疣传播到身体其他部位，引起新的皮疹。衣物床单清洁： 儿童的衣物和床单要定期清洗更换，清洗时最好用热水烫洗，然后在阳光下暴晒，起到杀菌消毒的作用。
治疗后的观察要点
局部恢复情况： 治疗后要观察软疣部位皮肤的恢复情况，看是否有红肿加重、渗液等感染迹象，如果出现这些情况要及时就医处理。新皮疹出现情况： 要留意儿童身体其他部位是否出现新的软疣皮疹，因为软疣有自身接种传播的可能，如果有新皮疹出现，可能需要进一步治疗。