褐青色痣的形成目前医学上认为可能与遗传因素有关，有研究发现部分患者有一定的家族遗传倾向。另外，也可能与胚胎发育过程中黑素细胞的异常分布有关。
遗传因素相关情况
基因层面影响：目前虽然具体的相关基因尚未完全明确，但有研究表明，如果家族中有亲属患有褐青色痣，那么个体患褐青色痣的风险可能会相对增高。比如在一些有家族聚集性的病例中，家族成员之间患病的概率比普通人群要高一些，但这并不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
胚胎发育相关情况
黑素细胞迁移异常：在胚胎发育时期，黑素细胞的正常迁移过程出现紊乱，导致部分黑素细胞异常聚集在皮肤的特定部位，进而形成褐青色痣。正常情况下，黑素细胞会在胚胎发育的特定阶段迁移到皮肤的表皮基底层等合适位置，但如果这个过程出现偏差，就可能使得黑素细胞聚集在真皮层等部位，最终表现为褐青色痣。环境因素的可能影响：虽然胚胎发育时期的环境因素对褐青色痣形成的直接影响证据不是特别充分，但一些研究推测，母亲在孕期如果受到某些不良环境因素的影响，如接触了一些可能干扰胚胎发育的化学物质等，可能会在一定程度上增加胎儿患褐青色痣的风险，但这种影响相对遗传因素来说不是主要的致病原因。
激素水平相关推测
青春期等阶段的变化：有部分患者发现褐青色痣在青春期等激素水平变化较大的阶段可能会有所变化，比如颜色可能会加深或者面积有所增大等。这提示激素水平的变化可能对褐青色痣的形成或表现有一定的影响，但具体的作用机制还需要进一步深入研究。不过可以明确的是，激素水平变化不是褐青色痣形成的根本原因，只是可能会对其产生一定的影响。