男性生殖系统畸形包括阴茎畸形、前列腺及睾丸畸形、输精管畸形等，较为常见，其产生原因主要有先天性畸形和外伤导致。
男性生殖系统畸形的原因具体如下：
一、先天性畸形。多数生殖器畸形属于先天性畸形，这是因为在胚胎发育过程中出现异常所引发的。在胚胎发育期间，如果接触到有毒有害射线，或者自身染色体发生变异，就会导致生殖器畸形。比如，一些染色体异常疾病可能会伴有生殖器畸形表现。
二、外伤导致。部分男性生殖器官遭受暴力外伤后会形成阴茎、睾丸永久性畸形。像是在意外事件中，生殖器部位遭遇高温、锐器伤害，或是突然受到外力猛烈击打，致使生殖器官严重受损。这种情况下的畸形有些可以通过整形来修复，但如果受伤极为严重，也会导致部分男性功能丧失。
男性生殖系统畸形的治疗方法有：
一、生活方面。如果畸形程度较轻，可以考虑一般性治疗，比如多喝水，保持饮食均衡，不吸烟、不喝酒，不吃辛辣油腻食物，注重个人卫生等，这样有可能使畸形逐渐恢复。
二、手术方面。若畸形程度严重，则应以手术治疗为主，通过药物治疗通常效果不明显。例如，睾丸畸形最好在儿童时期进行手术，而包茎和包皮过长则需要进行包皮环切手术。
总之，男性生殖系统畸形需要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时要注意预防和及时处理可能导致畸形的因素。