巨细胞病毒感染的症状因感染对象不同而有所差异。对于健康成年人，多数无症状，部分可能出现类似流感的症状，如发热、乏力、肌肉酸痛等，持续时间可能较短。而对于免疫功能低下人群，如艾滋病患者等，症状则较为复杂，可能累及多个器官系统。
新生儿巨细胞病毒感染症状
新生儿感染巨细胞病毒后，约10%会出现明显症状。可能有黄疸，表现为皮肤和巩膜黄染，持续时间可能超过2周；还可能有肝脾肿大，通过体检可发现肝脏和脾脏比正常增大；部分新生儿会出现血小板减少性紫癜，导致皮肤出现瘀点、瘀斑等。
儿童巨细胞病毒感染症状
儿童感染后，多数为隐性感染，少数有症状。有症状的儿童可能出现发热，体温可达到38℃~39℃甚至更高，发热持续时间不等；还可能有呼吸道症状，如咳嗽、流涕等，类似普通感冒表现；有些儿童会出现肝功能异常，表现为食欲减退、恶心、呕吐等消化道症状，同时抽血检查肝功能时可发现转氨酶升高等。
免疫功能低下人群巨细胞病毒感染症状
以艾滋病患者为例，感染巨细胞病毒后可累及肺部，出现咳嗽、呼吸困难等症状，严重时会影响呼吸功能；还可能累及胃肠道，导致腹痛、腹泻、消化道出血等；神经系统也可能受累，出现头痛、意识障碍等症状。