婴儿健脾散正常使用时副作用较少，但也可能存在个别情况。一般来说，按照正确用法用量服用，出现严重副作用的概率较低。
药物成分相关情况
婴儿健脾散主要由白扁豆（炒）、山药、白术（炒）、鸡内金（炒）、川贝母、木香（炒）、碳酸氢钠、人工牛黄等成分组成。这些成分大多是常见的中药材或安全的添加剂，正常情况下引发严重副作用的可能性不大。但如果孩子对其中某些成分过敏，就可能出现过敏反应，比如皮肤瘙痒、皮疹等。不过这种因过敏导致的副作用相对较为罕见。
不同体质孩子的差异
对于脾胃功能本身较弱的婴儿，在服用婴儿健脾散时，个别人可能会出现胃肠道的轻微不适，像服药后出现短暂的腹胀感。但通常这种不适比较轻微，不会影响孩子的正常进食和生长发育。而对于体质较好、脾胃功能正常的婴儿，服用后一般不会有明显的副作用表现。
与其他药物联用情况
如果婴儿正在同时服用其他药物，那么和婴儿健脾散联用有可能产生相互作用。例如，若同时服用一些具有较强药性的西药，可能会干扰婴儿健脾散中药物成分的代谢或作用发挥。不过只要在医生指导下合理联用药物，这种因联用导致的副作用是可以避免的。但如果自行盲目联用药物，就增加了出现不良反应的风险。