怀孕初期出现褐色分泌物，原因包括生理性改变、先兆流产、妇科疾病等，要依据不同情况处理。具体如下：
一、生理性改变：怀孕初期，受精卵于宫腔着床，会对子宫内膜产生一定刺激，可致少量子宫内膜脱落，进而引起少量阴道流血而出现褐色分泌物，通常无其他不适症状，此为正常生理现象，一般无需特殊治疗。
二、先兆流产：孕妇腹部遭外力损伤或情绪受剧烈刺激等，可引发子宫收缩，诱发先兆流产，会导致部分孕囊与子宫壁轻度分离，引起阴道流血，血液与分泌物混合后呈现褐色分泌物，可伴有小腹痛等表现。可在专业医生指导下使用如黄体酮胶丸、盐酸利托君片等药物进行保胎治疗。
三、妇科疾病：怀孕初期，孕妇若有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病，局部组织受刺激会引起局部出血，从而出现褐色分泌物，可伴有分泌物增多等症状。可待分娩结束后，遵医嘱使用保妇康栓、抗宫炎片等药物治疗，必要时进行激光、冷冻、利普刀等治疗。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物要引起重视，及时明确原因，并根据具体情况采取合适的治疗措施。