患有胆汁反流性胃炎伴糜烂时，可在医生的指导下使用以下药物进行治疗：
1.胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，这类药物可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，减轻胆汁对胃黏膜的损伤。
2.促胃肠动力药：如多潘立酮、莫沙必利等，可增强胃排空，减少胆汁反流。
3.胃酸抑制剂：如奥美拉唑、兰索拉唑等，这类药物可以抑制胃酸分泌，缓解胃酸对胃黏膜的刺激。
4.抗抑郁药：如果患者伴有明显的焦虑、抑郁等情绪问题，医生可能会建议使用抗抑郁药，如氟西汀、帕罗西汀等，以改善情绪，缓解症状。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，患者应严格按照医嘱服药，不得擅自增减剂量或停药。此外，患者还应注意饮食调整，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以及咖啡、浓茶等，以免加重病情。同时，保持良好的心态，避免紧张、焦虑等不良情绪，也有助于疾病的恢复。