跖疣不存在最佳去除方法。
不同患者自身情况及病情各异，治疗方法也有所不同，患者应前往正规医院，医生会依据具体状况选择适宜的治疗方式。当前主要采用药物治疗与物理治疗。
一、药物治疗：
1.水杨酸：可软化、溶解角质以去除跖疣。患者用药前先把病患处浸泡在温水数分钟，待皮肤表层软化后用浮石或金刚砂板轻轻去除，皮肤干燥后外用相关乳膏或贴剂进行治疗。
2.干扰素凝胶：具有抗病毒以及调节人体免疫功能的作用，常和其他治疗方法联合使用，相对安全且有效，能降低复发率，外用在患处。
3.平阳霉素：能切断DNA链，抑制细胞DNA合成，通过注射到疣体根部使疣体细胞坏死，常用于难治性跖疣。
4.博来霉素：可引起细胞DNA链断裂，通过在疣体根部注射使疣体细胞坏死，其见效快、效果好且痛苦小。
二、物理治疗：适合较小的跖疣。最常见的是液氮冷冻，即把液氮喷到患处让疣体坏死脱落，但疗程较长，且不适用于疣体多发的患者。
跖疣是由人乳头瘤病毒引起的足部皮肤增生物，治疗通常需要持续至少2至3个月，患者要坚持遵医嘱用药，日常需注意避免脚部受伤，每天换洗袜子和鞋子，避免光脚在游泳池周围或公共浴室走动。
总之，对于跖疣的治疗要根据个体情况选择合适的方法，同时要注意日常护理和坚持治疗。