男性尿道炎治疗时，常用的药物有抗生素等。一般来说，根据病原菌的不同选择合适的抗生素能较快改善症状，比如由大肠杆菌引起的尿道炎，常用喹诺酮类抗生素等。
常用药物种类
抗生素类药物： 对于细菌感染引起的男性尿道炎，常用的有喹诺酮类，像氧氟沙星等，这类药物能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。还有头孢菌素类，如头孢克肟，它能破坏细菌细胞壁合成来达到杀菌效果。大环内酯类药物： 比如阿奇霉素，它可以抑制细菌蛋白质合成，对支原体、衣原体感染引起的尿道炎有较好疗效。
不同病原菌感染的用药差异
淋病奈瑟菌感染： 通常首选头孢曲松，一般单次肌肉注射就能有较好效果。衣原体或支原体感染： 多选用阿奇霉素或者多西环素，阿奇霉素一般口服，连用7 - 10天左右；多西环素也是口服，疗程通常为7 - 10天。
用药注意事项
遵医嘱用药： 一定要严格按照医生的嘱咐用药，不能自行增减药量或者停药。比如用头孢克肟时，要按时按量服用，即使症状有所缓解，也不能擅自停药，否则容易导致病情反复或者产生耐药性。避免饮酒： 在用药治疗尿道炎期间，绝对不能饮酒。因为酒精可能会与药物发生相互作用，影响药效，还可能加重尿道炎的症状，比如导致尿道刺激症状加重等。性伴侣同治： 如果是性传播引起的尿道炎，性伴侣也需要同时接受检查和治疗，不然容易在男女之间反复交叉感染，导致尿道炎难以彻底治愈。比如衣原体尿道炎，性伴侣如果不治疗，即使男性治愈了，再次接触后又会被感染。