经常早上起来腹泻可能由多种原因引起。一般来说，约20%-30%的人可能存在肠道功能紊乱导致早上腹泻的情况。
一、肠道功能紊乱
胃肠蠕动过快： 人体在清晨时，交感神经兴奋性相对较低，副交感神经相对活跃，可能会导致肠道蠕动加快。比如部分本身肠道神经调节不太稳定的人，早上肠道蠕动一加快就容易引起腹泻。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠道疾病，患者肠道比较敏感，早上起来时，受到一些轻微刺激（像体位变化等）就可能引发腹泻，常还伴有腹痛、腹胀等症状，而且症状会在排便后有所缓解。
二、饮食因素
前晚饮食不当： 如果前一天晚上吃了过多生冷食物，如大量冰镇水果、冷饮等，这些生冷刺激可能会影响肠道功能，导致早上腹泻。例如前一晚吃了很多冰镇西瓜，第二天早上就可能出现腹泻情况。食物过敏或不耐受： 有些人对特定食物过敏或不耐受，比如对牛奶中的乳糖不耐受，若前一天晚上喝了牛奶，早上也可能出现腹泻。还有对某些海鲜过敏的人，前一晚吃了海鲜，早上也可能出现腹泻反应。
三、疾病因素
慢性肠炎： 肠道存在慢性炎症时，炎症刺激会使肠道黏膜处于敏感状态，早上人体生理机能开始活动，炎症部位受到刺激就容易引起腹泻。像慢性溃疡性结肠炎患者，常常会有早上腹泻的表现，还可能伴有黏液便等情况。甲状腺功能亢进： 甲状腺激素分泌过多会加快机体代谢，包括肠道代谢，导致肠道蠕动增快，从而出现早上腹泻的症状，同时还可能伴有多汗、心慌、消瘦等表现。比如甲亢患者甲状腺激素水平升高，就可能出现这种早上腹泻的情况。