阴茎畸形的原因有多种。先天性因素是常见原因之一，比如先天性阴茎弯曲，可能与胚胎发育过程中阴茎白膜发育不均衡有关，部分先天性阴茎畸形还可能伴随尿道下裂等其他先天性泌尿生殖系统畸形。
先天性发育异常导致
遗传因素影响： 某些遗传基因的突变可能会引发阴茎畸形，有家族遗传史的人群相对更易出现相关情况。比如一些单基因遗传病可能会干扰阴茎正常的发育过程，导致阴茎在形态、结构上出现异常。胚胎发育时期问题： 在胚胎发育的前8周左右，是阴茎发育的关键阶段，如果受到外界因素干扰或者自身发育调控出现异常，就可能造成阴茎畸形。例如孕妇在妊娠早期接触某些有害化学物质、受到放射线照射等，都可能影响胚胎阴茎的正常发育。
创伤因素引起
外伤导致： 阴茎受到严重的外伤，如暴力撞击、性生活时的不当损伤等，可能会引起阴茎畸形。比如阴茎海绵体白膜破裂，若没有得到及时正确的治疗，就可能导致阴茎弯曲畸形。一般外伤后如果出现阴茎肿胀、疼痛且伴有异常弯曲等情况，就要高度警惕阴茎畸形的可能。医源性创伤： 一些尿道手术、阴茎整形手术等，如果手术操作不当，也可能引发阴茎畸形。比如在尿道下裂修复手术中，如果手术技巧不过关或者术后恢复不佳，就可能出现阴茎弯曲、尿道狭窄等畸形情况。
疾病因素所致
阴茎硬结症： 这是一种结缔组织疾病，阴茎海绵体白膜出现纤维化斑块，会导致阴茎在勃起时弯曲、疼痛。该病确切病因尚不明确，可能与创伤、遗传、自身免疫等因素有关，多见于中年男性，随着病情发展，阴茎弯曲程度可能会逐渐加重。阴茎肿瘤： 阴茎肿瘤较为罕见，但如果发生阴茎肿瘤，肿瘤的生长可能会破坏阴茎的正常结构，导致阴茎畸形。例如阴茎癌，肿瘤细胞浸润生长会使阴茎出现形态改变，如局部肿大、变形等。