月经推迟三天怀孕了，通常不建议进行药物流产。
一、怀孕时间较短：月经推迟三天查出怀孕时，此时怀孕时间尚短，做B超检查往往无法看清孕囊的具体位置，因此无论是药物流产还是清宫手术都不合适。
二、合适时间及其他注意事项：一般来讲，怀孕满45天后，进行B超检查可以清晰地观察到孕囊的位置和大小，这时才可以考虑做药物流产或者清宫手术。但在进行药物流产或人工流产手术之前，还需要排除一系列禁忌症。比如患有甲状腺疾病、肾上腺疾病、糖尿病、心血管疾病等，或者本身属于过敏性体质、存在贫血等情况，都不适合做药物流产。若当下患有生殖道炎症，应当等炎症得到控制后再考虑流产。
三、流产后的注意事项：不管通过何种方式流产，在阴道流血期间都要特别注重阴部卫生。应该经常用温开水冲洗外阴，不使用不干净的卫生用品，要勤换内裤。流产后半个月内不宜有性生活，以免引发妇科炎症。
总之，对于月经推迟三天怀孕的情况，要综合多方面因素来考虑流产的方式和时机，同时流产后要做好相关的护理工作。