两只眼睛不能聚焦，原因主要有以下这些：
一、视疲劳：如果长期熬夜，过度使用电子屏幕，以及用眼过度，会引发视疲劳，进而使得睫状肌功能减弱，调节力下降，导致眼睛出现短暂性的不能聚焦情况。
二、中老年人老花眼：因老化因素致使睫状肌松弛退化、晶状体弹性降低，调节力变弱，从而造成眼睛聚焦困难，其特点是难以聚焦在近处物体上，但聚焦远处物体不受影响。
三、斜视：比如麻痹性斜视、急性共同性斜视或限制性斜视等，会导致双眼运动不协调，无法将视线汇聚到同一物体上，也就无法聚焦。
四、屈光不正：眼睛角膜或晶状体出现异常，导致光线不能正确折射，形成屈光不正，像近视、远视、散光等，都可能引起眼睛不聚焦、视野模糊、重影以及视力下降等状况。
五、睫状肌麻痹：通常是动眼神经受到损伤引起，会使睫状肌的调节功能减退甚至丧失，进而导致眼睛无法聚焦。
六、屈光参差：两只眼睛的屈光度数差异较大，物体光线经过眼睛折射所形成的物像大小不一样，大脑无法充分将其融合，因而出现聚焦困难的现象。如果患者出现眼睛不能聚焦的情况，建议及时前往医院就诊，以便查明具体病因，进而采取对症的治疗措施。
总结概括提示：眼睛不能聚焦可能由多种原因引起，包括视疲劳、老花眼、斜视、屈光不正、睫状肌麻痹和屈光参差等，出现这种情况应及时就医检查和治疗。