男性感染HPV后，症状表现多样。部分男性感染低危型HPV可能出现生殖器疣，常在生殖器部位如阴茎、阴囊等出现菜花状、乳头状的赘生物。而感染高危型HPV时，早期可能没有明显症状，部分人长期感染高危型HPV，若引发病变，可能会有局部异常，比如阴茎部位出现溃疡、异常肿块等，但一般这些症状出现相对较晚，可能需要数月甚至数年时间。
低危型HPV感染症状
生殖器疣表现： 通常在感染后数周~数月发病，初期可能是小的丘疹，逐渐增大增多，形态多样，有的像小肉芽，有的呈菜花状。好发部位主要是阴茎、阴囊、肛周等部位。一般没有明显疼痛，但可能会有瘙痒感。症状出现时间： 低危型HPV感染引起生殖器疣的潜伏期一般在3周~8个月，平均为3个月左右。
高危型HPV感染早期症状
无明显特异症状： 感染高危型HPV后，很多男性早期没有特殊的自觉症状，身体表面也看不到明显异常。这就需要通过定期筛查来发现问题，比如进行HPV检测和宫颈相关的联合筛查（虽然女性宫颈筛查，但男性感染高危型HPV也可能与女性宫颈癌的发生相关联）。长期感染风险： 如果高危型HPV持续感染，在数年甚至数十年后，有可能引发阴茎癌等病变，但这种情况相对较少见，不过一旦发生后果较为严重。
感染HPV后的特殊情况
免疫力影响症状： 自身免疫力较强的男性，感染HPV后有可能依靠自身免疫力将病毒清除，此时可能不会出现明显症状。而免疫力较低的男性，比如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的男性，感染HPV后症状可能会更严重，且更容易出现病毒持续感染的情况。与其他疾病的混淆： 生殖器部位出现的一些类似疣的病变，可能容易与珍珠状阴茎丘疹等其他疾病混淆，所以如果发现生殖器部位有异常增生物等情况，要及时就医进行鉴别诊断，通过HPV检测等手段来明确是否为HPV感染引起的症状。