夜间咳晨起最严重且有痰，可能是以下原因导致：
1.呼吸道感染：病毒或细菌感染呼吸道可引起炎症，导致咳嗽和咳痰。常见的呼吸道感染包括普通感冒、流感、肺炎等。
2.咳嗽变异性哮喘：这是一种以咳嗽为主要症状的哮喘，夜间或清晨咳嗽较为明显，常伴有咳痰。
3.鼻后滴注综合征：鼻腔分泌物倒流刺激咽喉部可引起咳嗽，尤其是在夜间平卧时。
4.胃食管反流病：胃酸反流刺激食管和咽喉部可导致咳嗽和咳痰。
5.其他原因：如过敏、气道异物、慢性阻塞性肺疾病等也可能引起类似症状。
治疗方法主要包括以下几点：
1.就医诊断：首先应就医，进行详细的身体检查和相关检查，如血常规、胸片或CT等，以确定咳嗽的具体原因。
2.针对病因治疗：根据诊断结果，采取相应的治疗措施。如果是呼吸道感染，可能需要使用抗生素或抗病毒药物；如果是咳嗽变异性哮喘，可能需要使用支气管扩张剂和糖皮质激素；如果是胃食管反流病，可能需要使用抑酸药等。
3.止咳祛痰：在病因治疗的同时，可使用止咳祛痰药物缓解症状。常用的止咳药有右美沙芬、氨溴索等；祛痰药有羧甲司坦、溴己新等。
4.调整生活方式：保持室内空气湿润，避免吸烟和空气污染，避免过度劳累，注意保暖等。
5.饮食调理：避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多喝水，多吃蔬菜水果等。
需要注意的是，对于夜间咳晨起最严重且有痰的情况，应及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，应注意休息，避免劳累和受凉，保持良好的生活习惯。