男性阴茎短小的治疗方式主要包括食疗、适当运动以及手术。
一、食疗：阴茎短小的患者可通过食用韭菜、核桃等食物来改善。这些食物富含蛋白质、硫氨酸、核黄素、钙、脂肪、铁等物质，具备补肾温阳、强筋健骨、通润血脉等作用，在一定程度上能对阴茎短小的症状起到治疗效果。比如韭菜，含有多种营养成分，对身体有益。
二、适当运动：缩肛运动对缓解阴茎短小有帮助。进行缩肛运动可加快局部血液循环，增强盆底肌张力，进而能使男性性功能增强、阴茎增大。具体做法是患者运动时先让肛门收缩10秒钟，然后迅速放松，再维持10秒，如此进行周期性训练。
三、手术：对于阴茎短小的患者还可采用手术方式治疗，常见的手术为阴茎延长术。在手术过程中，医生会切断阴茎内部的韧带，之后将阴茎海绵体牵拉出来，从而实现阴茎延长的目的。
总之，对于男性阴茎短小，可以根据具体情况选择合适的治疗方法。