胃黏膜下垂目前没有特效的治疗药物，一般可根据症状来对症用药。比如有腹痛症状时，可使用颠茄片等抗胆碱能药物缓解，这类药物能抑制胃肠蠕动，减轻疼痛，但一般不建议长期大量使用。
对症缓解症状的药物
腹痛时的用药：当出现腹痛症状，可使用抗胆碱能药物，像颠茄片能起到一定缓解疼痛的作用，它通过阻断M胆碱受体，抑制胃肠蠕动，从而减轻因胃黏膜下垂可能导致的胃肠痉挛引起的腹痛，但它可能会引起口干、视力模糊等不良反应。恶心呕吐时的用药：若有恶心呕吐情况，可使用多潘立酮等促胃肠动力药，多潘立酮能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解恶心呕吐症状，但要注意它可能会有头痛、头晕等不良反应。
保护胃黏膜的药物
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，在胃黏膜表面形成保护膜，减少胃酸、胆汁等对胃黏膜的刺激，对于胃黏膜下垂引起的胃部不适有一定的缓解作用，能保护受损的胃黏膜。硫糖铝：硫糖铝能在溃疡面或炎症处形成保护膜，阻止胃酸、酶及胆汁酸的渗透、侵蚀，有利于胃黏膜的再生和溃疡愈合，对胃黏膜下垂导致的胃黏膜损伤有一定保护作用，但服用时要注意可能会引起便秘等不良反应。
调节胃肠功能的药物
曲美布汀：它能调节胃肠运动，改善胃肠道功能紊乱，对于胃黏膜下垂可能伴随的胃肠功能失调有一定的调节作用，可使胃肠运动趋于正常化，不过可能会出现腹泻、腹胀等不良反应。双歧杆菌活菌制剂：这类益生菌药物可以调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，间接对胃肠功能起到调节作用，有助于维持胃肠道的正常消化吸收等功能，但使用时要注意不能用热水送服，以免影响药效。胃黏膜下垂的药物治疗主要是针对相关症状进行对症处理，而且药物治疗只是一部分，还需要在生活中注意养成良好的饮食习惯，如少食多餐，避免暴饮暴食，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物等，必要时可能还需要结合其他治疗方式，若症状严重可能需要考虑手术治疗等。