男性生殖器官部位起痘痘的原因可能有以下几点：
1.毛囊炎：由于毛发的牵拉、摩擦、搔抓引起的损伤，皮肤的浸渍，局部密封包扎及应用皮质激素等是引起毛囊炎的诱因。金黄色葡萄球菌是主要的致病菌。初起为与毛囊口一致的红色充实性丘疹或由毛囊性脓疱疮开始，以后迅速发展演变成丘疹性脓疱，中间贯穿毛发，四周红晕有炎症，继而干燥结痂，约经1周痂脱而愈，但也有反复发作，多年不愈，有的也可发展为深在的感染，形成疖、痈等，一般不留瘢痕。皮疹数目较多，孤立散在，自觉轻度疼痛。在成人主要发生于多毛的部位，在小儿则好发于头部，其皮疹有时可互相融合，愈后可留有小片状秃发斑。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，儿童及青年人最易感染，可通过直接接触或性行为传播。典型损害为受感染局部表皮细胞增生形成的丘疹，直径2至8毫米，单发或多发，圆形或半球形，有蜡样光泽，中心脐凹状，并含有干酪样栓塞物，丘疹呈肉色或粉红色。初期质地坚硬，成熟变软，可挤压出干酪样物。
3.珍珠状阴茎丘疹：珍珠状阴茎丘疹是一种环绕阴茎冠状边缘和冠状沟的淡红色、白色或淡粉色小丘疹。丘疹的排列常较整齐，不互相融合，无压痛、破溃感，患者无自觉症状。阴茎珍珠状丘疹与尖锐湿疣鉴别诊断要点在于前者损害局限于龟头的边缘，损害数目较多，为珍珠状乳白色丘疹，表面光滑，损害随病程延长不增大，醋酸试验阴性；而后者损害不限局于龟头的边缘，多单个散在，损害较大，表面不光滑，多呈菜花状，随病程延长逐渐增大，醋酸试验阳性。
4.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是一种皮脂腺疾病，该病是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。皮脂腺异位症多在青春期后发生，中年人较多见，该部位病变特征为无明显隆起皮肤的粟粒大小扁平丘疹状损害，群集分布，损害多无自觉症状，一般不需要治疗。
如果男性生殖器官部位起痘痘，建议及时就医，以确定病因并进行相应的治疗。同时，应注意保持局部清洁卫生，避免搔抓和摩擦，避免使用刺激性的清洁剂和化妆品。