三叉神经疼的主要原因是血管压迫神经，据统计，约90%的原发性三叉神经痛是由于颅内的小动脉压迫了三叉神经根部导致的。
血管压迫因素
血管结构异常： 颅内的动脉血管随着年龄增长可能会发生迂曲、硬化等变化。比如一些人到了中年后，供应三叉神经的动脉可能不再保持正常的走行，变得贴近三叉神经根部，长期的血管搏动就会对三叉神经产生刺激，从而引发疼痛。血管搏动刺激： 动脉血管不停地搏动，就像一个“小锤子”不断敲击三叉神经，使得神经传导出现异常，进而导致三叉神经疼发作。这种疼痛往往比较剧烈，呈电击样、刀割样。
神经病变因素
神经脱髓鞘： 三叉神经周围的髓鞘出现病变，发生脱髓鞘改变。正常的髓鞘就像电线的绝缘层，能保证神经信号正常传导。当髓鞘受损后，神经信号传导就会出现短路现象，导致神经异常放电，引发疼痛。神经纤维变性： 长期的不良刺激等因素可能导致三叉神经的神经纤维发生变性，使得神经的正常功能受到影响，也容易引发疼痛症状。
其他可能因素
肿瘤压迫： 颅内的一些肿瘤，如听神经瘤、脑膜瘤等，也可能压迫三叉神经，从而引起三叉神经疼。不过这种情况相对较少见，但也是需要考虑的一个因素。感染因素： 面部的一些感染性疾病，虽然不是直接导致三叉神经疼的最主要原因，但在某些情况下也可能诱发。比如牙龈炎、鼻窦炎等疾病，炎症刺激可能波及三叉神经，引发疼痛发作。