宝宝囟门凹陷可能由以下原因引起：
1.腹泻导致体内水分流失：宝宝腹泻时，会丢失大量的水分，导致身体脱水。如果脱水严重，可能会引起宝宝囟门凹陷。
2.营养不良：宝宝长期营养不良，身体虚弱，也可能导致囟门凹陷。
3.疾病：宝宝患有某些疾病，如佝偻病、先天性甲状腺功能减退症等，也可能导致囟门凹陷。
4.囟门过早闭合：如果宝宝的囟门过早闭合，也可能导致囟门凹陷。
如果发现宝宝囟门凹陷，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。同时，家长要注意给宝宝补充水分，保持宝宝的营养均衡，及时治疗宝宝的疾病。