紧急避孕药是无防护性生活或避孕失败后的补救措施，不能作为常规避孕方法，频繁使用可能带来一些伤害。一般来说，一年内使用紧急避孕药最好不超过3次。
对月经周期的影响
月经紊乱： 紧急避孕药含有大量孕激素，会打乱体内正常的激素水平，从而影响月经周期。多数人用药后月经会按时来潮，但有约1/3的人会出现月经提前或延迟的情况。比如，原本月经周期规律的女性，用药后可能出现月经提前7天以上或者推迟7天以上的情况。经期变化： 还可能导致经期出血量的改变，有的女性服药后月经量会增多，有的则会减少。
对肠胃的刺激
胃肠道不适： 部分人服用紧急避孕药后会出现恶心、呕吐等胃肠道反应。尤其是在空腹状态下服药，恶心呕吐的发生率相对更高。比如，有研究显示，约10% - 20%的人服用紧急避孕药后会出现明显的恶心症状，其中部分人还会伴有呕吐，严重的可能会影响进食。
对激素水平的长期影响
激素失衡风险： 频繁使用紧急避孕药会持续干扰体内激素平衡，长期来看可能增加一些健康隐患。比如，可能影响卵巢的正常功能，导致内分泌失调，进而影响卵泡的发育和排卵等过程。而且，这种激素失衡可能不是短期内就能恢复的，对生殖系统的长期健康有潜在影响。
其他可能的影响
头晕乏力： 少数人服用紧急避孕药后会出现头晕、乏力的症状，一般这些症状会在24小时内缓解，但也有个别人可能会持续较长时间。避孕失败风险： 紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，存在一定的避孕失败几率。如果服药后月经推迟超过1周，就需要警惕是否怀孕，这时候要及时进行妊娠检测。