卵巢囊肿的药物治疗需根据囊肿性质等因素决定，一般没有特定的某一种药能绝对治疗所有卵巢囊肿。对于一些因炎症引起的卵巢囊肿，可能会用到抗生素，比如头孢类抗生素等，但具体用药要遵医嘱。
卵巢囊肿药物治疗的分类情况
生理性卵巢囊肿的药物辅助
一般观察为主：很多生理性卵巢囊肿会在月经周期变化中自行消失，通常不需要特殊用药。比如一些卵泡囊肿，多数在2 - 3个月经周期内可自然缩小或消失，这种情况主要是定期复查超声监测囊肿变化即可，不用特意服用药物来促使其消退。特殊情况用药：如果是考虑与内分泌因素相关的生理性囊肿，在某些情况下可能会用到调节内分泌的药物，但这也不是常规的针对囊肿的治疗药物。例如多囊卵巢综合征患者可能伴有卵巢囊肿样改变，会用到调节月经周期等的药物，像短效避孕药，不过这类药物主要是调节内分泌，间接影响囊肿情况，而不是直接针对囊肿起作用。
炎性卵巢囊肿的药物治疗
抗生素应用：当卵巢囊肿是由炎症引起时，会使用抗生素。常用的有头孢菌素类抗生素，如头孢曲松钠等，一般根据病情严重程度来决定用药疗程，通常可能需要用药7 - 14天左右，但具体要根据患者的炎症控制情况来调整。不过使用抗生素前需要做相关检查，如血常规等，评估是否存在细菌感染以及感染的严重程度来选择合适的抗生素。辅助抗炎药物：可能会辅助使用一些非甾体抗炎药来缓解炎症引起的疼痛等症状，比如布洛芬等，但这类药物主要是对症缓解症状，不能从根本上消除囊肿，只是在炎性囊肿治疗中起到辅助减轻不适的作用。
巧克力囊肿的药物干预
避孕药作用：对于子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿，会用到短效避孕药。像炔雌醇环丙孕酮片等，这类药物可以抑制排卵，减少月经血逆流，从而延缓巧克力囊肿的生长。一般需要连续服用3 - 6个月甚至更长时间，不过在用药过程中要注意观察药物的副作用，如可能出现恶心、呕吐、体重变化等情况。GnRH - a类药物：还有促性腺激素释放激素激动剂，如亮丙瑞林等，这类药物能抑制卵巢功能，使雌激素水平下降，达到药物性去势的效果，从而使巧克力囊肿缩小。不过使用这类药物会有低雌激素症状，如潮热、盗汗、骨质疏松等风险，一般用药时间不超过6个月，并且在用药期间可能需要补充钙剂等预防骨质疏松。