怀孕5周小腹部总是隐隐作痛，其原因包括正常现象、先兆流产、不良的饮食因素等。具体如下：
一、正常现象：怀孕5周处于孕早期，此时胚胎成功着床后，子宫会持续增大，进而对周围组织及韧带有牵拉或压迫，从而导致小腹部总是隐隐作痛。这种情况通常无需特殊处理，平时需注意休息，在孕早期应尽量避免剧烈运动。
二、先兆流产：这主要是指孕早期出现腹部疼痛以及阴道少量出血，其成因较为复杂，可能与父亲因素、母亲因素、环境因素、胎儿因素等有关，因此会引起怀孕5周时小腹部总是隐隐作痛。一般可在医生指导下服用保胎药物如黄体酮胶囊进行治疗。
三、不良的饮食因素：若怀孕早期饮食过于繁杂或进食了被细菌污染的食物，容易引发胃肠道疾病，当肠道疾病出现时，就可能诱发小腹部总是隐隐作痛，同时还可能伴有腹泻、腹胀等症状。通常要改善饮食习惯，尽量选择清淡易消化的食物，还可给予双歧杆菌进行调理治疗。
总之，怀孕5周小腹部隐痛可能由多种原因引起，要根据具体情况进行相应处理。