治脑血栓并没有绝对最好的药，常用的药物有以下几类。一般来说，在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者可使用阿替普酶等溶栓药物，能有效溶解血栓，改善脑部血液循环，但有严格的适用时间和禁忌证。
溶栓类药物
阿替普酶： 是一种重组组织型纤溶酶原激活剂，通过激活内源性纤溶系统，溶解血栓。它需要在发病4.5小时内应用，能显著降低脑血栓患者的致残率和死亡率，但使用时需严格评估患者的出血风险等情况，比如有脑出血病史、近期有大手术等情况的患者可能不适用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，能抑制血小板的活化和聚集，阻止血栓进一步形成。一般建议在没有禁忌证的情况下长期服用，但是有消化道溃疡、出血倾向等患者要慎用。通常每天服用一次，剂量一般为75~100毫克。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，对于不能耐受阿司匹林或者存在阿司匹林抵抗的患者可以选用。它的作用机制是抑制血小板表面的ADP受体，从而抑制血小板聚集。服用方法一般也是每天一次，剂量通常为75毫克。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞氧化损伤的作用。可以改善急性脑梗死患者的神经功能缺损症状，促进患者神经功能恢复。一般是静脉滴注，每天使用两次。不过，有严重肾功能衰竭的患者要禁用，使用过程中要密切监测肾功能。胞磷胆碱钠： 可以改善脑部代谢，促进大脑功能恢复。能够增强脑干网状结构上行激活系统的机能，促进苏醒，改善脑循环，增加脑血流。可以通过静脉滴注或者口服给药，静脉滴注时一般一次0.25~0.5克，每天1~2次；口服时一次0.1~0.2克，每天3次。但对本药过敏者禁用。