阴茎短小存在多种原因，涵盖先天性因素与后天性因素。
先天性因素主要源于基因遗传。比如父母的阴茎尺寸较小，那么其子女的阴茎就可能相对较小。而且在胎儿时期，如果发育出现异常，或是受到某些特定因素的影响，都有可能致使阴茎发育不良，进而呈现阴茎短小的状况。
后天性因素可能和众多方面相关。一、营养不良是一个可能的影响因素。在生长发育阶段，如果营养摄取不充足或者比例不均衡，可能会对身体的正常发育产生影响，其中包括阴茎的发育。二、肥胖也是值得注意的因素。虽说肥胖本身并非直接导致阴茎短小，但过多的脂肪堆积可能会使阴茎体的一部分被隐藏在体内，从而在外观上表现为阴茎短小的现象。三、部分疾病像睾丸炎、睾丸损伤等，可能会影响睾酮的分泌，进而干扰阴茎的正常发育，出现阴茎短小的症状。四、还有一些患者可能因为不良的生活习惯，例如长期抽烟、酗酒等，对身体的正常机能造成影响，从而间接地导致阴茎发育不良。
总之，阴茎短小是由多种因素综合作用导致的，了解这些因素有助于我们更好地认识和应对这一问题。