宝宝三个月了时不时咳嗽几声，可能是以下原因引起：
1.呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较脆弱，容易受到感染。如果宝宝咳嗽伴有鼻塞、流涕、发热等症状，可能是呼吸道感染引起的。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，也可能导致咳嗽。如果宝宝咳嗽在接触过敏原后加重，如花粉、尘螨等，可能是过敏引起的。
3.干燥：空气干燥也可能刺激宝宝的呼吸道，引起咳嗽。
4.胃食管反流：宝宝的胃容量较小，容易发生胃食管反流。胃酸反流刺激喉部可能导致咳嗽。
5.其他：百日咳、气管异物等也可能导致宝宝咳嗽。
如果宝宝咳嗽不严重，可以先观察一段时间，保持室内空气湿润，给宝宝适当补充水分。如果咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。
在就医时，医生可能会进行以下检查和诊断：
1.体格检查：医生会检查宝宝的呼吸、心率、肺部听诊等，以了解宝宝的健康状况。
2.实验室检查：如血常规、C反应蛋白等，以判断是否存在感染。
3.影像学检查：如X光、CT等，以了解肺部的情况。
治疗方法包括：
1.药物治疗：根据病因和症状，医生可能会开一些止咳药、祛痰药、抗生素等。
2.护理措施：保持宝宝的呼吸道湿润，适当增加空气湿度，帮助宝宝咳出痰液。
3.改变生活方式：如调整饮食、避免过敏原等。
4.其他治疗：如物理治疗、中医治疗等。
需要注意的是，宝宝的咳嗽可能是多种原因引起的，治疗方法也因人而异。在给宝宝用药时，一定要按照医生的建议使用，不要自行增减剂量或更换药物。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如果出现异常情况，应及时就医。