做肠镜检查时多数人不会有明显剧痛，但会有一些不适感觉。一般来说，普通肠镜检查时约有30% - 50%的人会感觉有腹胀、轻微疼痛等不适，但大多人可以耐受。
检查方式影响感受
普通肠镜：
检查过程中的感受： 检查时医生会将肠镜从肛门插入，推进过程中，约有40% - 60%的人会感觉到腹部胀满感，部分人会有隐痛，这种不适一般在可忍受范围内。比如，对于肠道比较顺畅的人，这种不适相对轻一些；而肠道比较弯曲的人，可能腹胀、隐痛的感觉会更明显些。适用人群： 普通肠镜适合身体一般状况较好，能够耐受一定不适的人群，但对于怕痛、肠道敏感的人可能不太友好。
无痛肠镜：
检查过程中的感受： 无痛肠镜是在静脉麻醉下进行的，检查时人处于睡眠状态，完全感觉不到疼痛。麻醉起效快，一般注射麻醉药物后1 - 3分钟就会入睡，整个检查过程中没有任何痛苦感受。不过，检查结束后，随着麻醉药物代谢，约有20% - 30%的人会有轻微头晕、乏力等不适，但很快会缓解。适用人群： 适合怕痛、精神紧张、对疼痛耐受差的人群，比如焦虑症患者、老年人或者肠道敏感程度高的人群。
个人体质差异影响
体质较好者：
肠道耐受性： 体质较好的人，肠道蠕动相对更有规律，在做肠镜检查时，身体对不适的耐受能力较强。例如，经常运动、身体素质佳的年轻人，在普通肠镜检查中，腹胀、隐痛等不适感觉可能相对较轻，能够较好地配合检查。恢复情况： 检查后恢复也相对较快，一般几个小时后就能恢复正常的活动和饮食。
体质较弱者：
肠道敏感表现： 体质较弱、本身有肠道疾病（如肠易激综合征）的人，做肠镜检查时可能更敏感。比如，有肠易激综合征的人，肠道对刺激很敏感，在肠镜推进过程中，腹胀、疼痛的感觉会更明显，可能会频繁出现想要排便的感觉。恢复时间： 检查后恢复相对较慢，可能需要1 - 2天才能完全恢复正常状态，而且需要更加注意休息和饮食调理。
肠道准备情况影响
肠道准备良好者：
检查时的顺畅度： 肠道准备充分，肠道内没有过多的粪便和气体，肠镜推进顺利。这种情况下，不适感觉会明显减轻。比如，按照要求喝够足够量的泻药，肠道清洁度达到良好标准的人，在做肠镜时，腹胀感很轻，医生推进肠镜也比较顺畅，疼痛等不适也相对少。后续影响： 检查后对肠道功能的影响较小，一般检查结束后1 - 2天就能恢复正常的肠道蠕动和消化功能。
肠道准备不佳者：
检查时的困难： 肠道准备不好，有较多粪便残留，会影响肠镜的观察和推进。医生需要反复退镜、进镜来清理粪便，这会导致检查时间延长，同时也会让受检者感觉更不适，腹胀、疼痛等感觉会加重。比如，只喝了少量泻药，肠道内还有很多粪便的人，检查过程会很不顺利，不适感觉明显增强。恢复时间： 检查后可能需要更长时间来调整肠道功能，可能需要2 - 3天才能让肠道恢复到正常状态，而且在这期间可能会有腹部不适、排便异常等情况。