口腔溃疡的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般来说，局部用药往往能较快缓解症状。比如西瓜霜喷剂，通常喷后1~2天能让疼痛有所减轻。
局部用药来缓解
含漱类药物： 氯己定含漱液是比较常用的，它能起到杀菌消炎的作用，每天含漱2~3次，每次含漱10~30秒，有助于控制口腔内的细菌感染，促进溃疡愈合。散剂类药物： 冰硼散也是常见的，直接撒在溃疡面上，能起到消肿止痛的效果，但使用时要注意避免接触到眼睛等敏感部位。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔溃疡创面的愈合，直接涂抹在溃疡处，一般每天涂抹2~3次，能加速上皮细胞的修复。维生素类药物： 维生素B₂片可以口服，它能参与体内的代谢过程，对口腔溃疡的恢复有一定帮助，一般成人每次口服1~2片，每天3次。
针对疼痛的药物
止痛贴膜： 比如苯佐卡因凝胶贴膜，能快速起到止痛的作用，将贴膜贴在溃疡部位，几分钟内就能缓解疼痛，但这类药物不能长期大量使用。含片类药物： 西地碘含片也有一定的止痛消炎作用，含服时每次1片，每天3~5次，不过对碘过敏的人不能使用。
特殊人群需注意
儿童口腔溃疡： 儿童使用药物要特别谨慎，局部用药时尽量选择温和且适合儿童的剂型。比如儿童专用的西瓜霜喷剂，使用时剂量要小，而且要在成人监护下使用。如果儿童口腔溃疡疼痛明显影响进食，建议在医生指导下选择合适的药物，不要自行随意用药。孕妇口腔溃疡： 孕妇出现口腔溃疡时，用药更要小心。一般优先选择局部的物理治疗方法，如用淡盐水多次漱口来清洁口腔。如果必须用药，要在医生评估后选择相对安全的局部药物，避免使用可能对胎儿有影响的全身性药物。