包皮龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的包皮龟头炎，可使用莫匹罗星软膏等抗生素药膏，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌感染性包皮龟头炎用药
局部外用抗生素药膏： 像莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，起到抗感染作用。使用时要清洁患处后薄薄涂抹一层，一般连续使用几天能看到炎症减轻。注意事项： 使用前需洗净双手，避免药膏接触眼睛等黏膜部位。
真菌感染性包皮龟头炎用药
抗真菌药膏： 常见的有克霉唑乳膏，它可以抑制真菌的生长繁殖。一般每天涂抹2 - 3次，坚持用药1 - 2周左右，症状会逐渐缓解。特殊人群提示： 男性若有配偶患霉菌性阴道炎，治疗期间最好双方同时治疗，防止交叉感染。
滴虫感染性包皮龟头炎用药
硝基咪唑类药物： 例如甲硝唑，不过一般是口服配合局部清洗。口服甲硝唑时要注意，对甲硝唑过敏者禁用，且用药期间不要饮酒，以免引起不良反应。局部可用甲硝唑溶液清洗龟头，清洗时要轻柔，避免刺激患处。
非感染性包皮龟头炎用药
糖皮质激素类药膏： 像氢化可的松乳膏，对于因过敏等非感染因素引起的包皮龟头炎有一定的抗炎、抗过敏作用。但这类药物不能长期大面积使用，一般使用时间不超过1周，且有皮肤破损、感染时要谨慎使用。同时，使用过程中要观察症状变化，若用药后症状无改善或加重，应及时就医。