反流性食管炎的治疗药物需根据个体情况选择，通常质子泵抑制剂应用较为广泛，比如埃索美拉唑，一般来说规范使用这类药物能有效缓解症状，但具体哪种药最好要因人而异。
质子泵抑制剂类药物
作用机制： 这类药物能抑制胃酸分泌，比如奥美拉唑，它可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制质子泵的活性，从而减少胃酸分泌，有效缓解反流性食管炎患者烧心、反酸等症状。适用情况： 多数反流性食管炎患者初始治疗可选用此类药物，能快速改善症状。
H₂受体拮抗剂
代表药物： 如雷尼替丁。作用机制： 它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，不过抑制胃酸分泌的作用相对质子泵抑制剂稍弱。适用情况： 适用于轻至中度反流性食管炎患者，或者作为质子泵抑制剂疗效不佳时的替代用药。
促胃肠动力药
代表药物： 多潘立酮。作用机制： 可以增强食管下括约肌压力、促进胃排空，从而减少胃内容物反流。适用情况： 单独使用适用于轻症患者，也可与抑酸药联合用于中重度患者。比如一些因胃排空延迟导致反流症状的患者，使用多潘立酮能有一定帮助。另外还有莫沙必利，同样能促进胃肠蠕动，改善反流情况。
黏膜保护剂
代表药物： 铝碳酸镁。作用机制： 它能中和胃酸，并且在食管、胃黏膜表面形成保护屏障，减轻胃酸、胆汁等对黏膜的刺激。适用情况： 可作为辅助用药，缓解反流性食管炎患者的烧心、胃痛等症状，尤其适合不能耐受抑酸药的患者。比如在患者胃酸刺激明显时，服用铝碳酸镁能快速起到保护黏膜的作用。