子宫内膜异位症的发生原因目前尚未完全明确，但有一些主要因素被广泛认可。目前认为，子宫内膜异位症可能影响约10%的育龄女性。
遗传因素：
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险可能会增加。研究发现，约15%的子宫内膜异位症患者有家族史。特定基因关联： 某些基因的突变可能与子宫内膜异位症的发生相关，例如与细胞黏附、免疫调节等功能相关的基因发生突变时，可能会增加子宫内膜异位症的发病几率。
经血逆流：
经血正常与逆流情况： 正常情况下，月经血从子宫通过宫颈、阴道流出体外。但在经血逆流时，子宫内膜组织可能随着经血通过输卵管逆流进入盆腔。盆腔种植： 逆流到盆腔的子宫内膜组织可能会种植在盆腔的其他部位，比如卵巢、盆腔腹膜等，然后在这些部位生长、增殖，从而引发子宫内膜异位症。据统计，约有10% - 15%的女性存在经血逆流现象，但其中只有少部分人会发展为子宫内膜异位症。
免疫调节异常：
免疫系统功能： 正常情况下，免疫系统能够识别和清除异位的子宫内膜组织。但当免疫系统出现异常时，比如免疫监视功能降低，就不能有效清除逆流到盆腔的子宫内膜组织。炎症反应参与： 免疫系统异常还可能引发盆腔内的炎症反应，炎症环境有利于子宫内膜组织的种植和生长，进而促进子宫内膜异位症的发生发展。例如，体内一些炎症因子水平的改变可能会影响子宫内膜组织的存活和增殖。
其他因素：
环境因素： 长期接触某些环境污染物等可能会对子宫内膜的正常生理功能产生影响，增加子宫内膜异位症的发病风险。内分泌因素： 体内雌激素水平过高可能会促进子宫内膜的生长，而子宫内膜异位症组织也会受到雌激素的影响而生长、增殖。例如，一些患有多囊卵巢综合征的女性，由于体内雌激素水平异常，子宫内膜异位症的发病几率相对较高。