孕12周内裤上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：孕12周时胎儿尚不稳定，过度劳累、剧烈运动、性生活等可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长时可呈现褐色。
2.胎盘位置低：孕28周前胎盘位置低可诊断为胎盘前置状态，随着孕周增加，胎盘位置可能上移，部分孕妇在孕12周时可能出现少量阴道流血。
3.宫颈息肉：孕期激素水平变化可能导致宫颈息肉生长，息肉质地脆弱，触碰后易出血，表现为内裤上有褐色分泌物。
4.其他：阴道炎、宫颈炎、泌尿系统感染等也可能导致少量阴道流血。
需要注意的是，褐色分泌物也可能是其他严重情况的表现，如前置胎盘、胎盘早剥等，这些情况可能威胁孕妇及胎儿的健康。因此，出现这种情况时，孕妇应及时就医，进行超声检查、血常规、凝血功能等检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
如果经医生评估，褐色分泌物是先兆流产引起，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，同时遵医嘱使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物。如果是胎盘位置低引起，需定期复查超声，密切观察胎盘位置的变化。如果是宫颈息肉导致，可在医生指导下进行息肉摘除术。
此外，孕妇在孕期应注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换内裤。同时，应按时进行产前检查，及时发现和处理异常情况。如果褐色分泌物持续不消失或伴有腹痛、阴道大量流血等症状，应立即就医。