怀孕三个月时感染滴虫性阴道炎，其严重程度需要根据具体症状来判断，治疗方法主要包括以下几点：
1.症状较轻：如果症状较轻，通常不需要特殊治疗，可通过调整生活习惯来缓解，如保持外阴清洁、勤换内裤、避免搔抓等。同时，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。
2.症状较重：如果症状较重，可能会对胎儿产生一定的影响，需要及时就医。医生可能会根据具体情况开具药物进行治疗，如甲硝唑、替硝唑等。这些药物对滴虫性阴道炎有较好的治疗效果，但需要在医生的指导下使用，避免自行用药。
3.注意事项：在治疗期间，应注意个人卫生，避免性生活，同时应注意内裤的消毒，以避免交叉感染。此外，还应定期复查，以确保病情得到有效控制。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，治疗方案应根据个体情况制定。如果对滴虫性阴道炎的治疗有任何疑问，建议及时咨询医生。同时，应注意孕期的保健，保持良好的生活习惯，有助于提高免疫力，预防感染的发生。