治疗鼻窦炎常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素可选用阿莫西林克拉维酸钾等，儿童用量需根据体重等计算；鼻用糖皮质激素如布地奈德鼻喷雾剂，能减轻鼻腔炎症反应，通常连续使用不超过3个月；黏液促排剂如桉柠蒎肠溶软胶囊，可促进鼻腔和鼻窦分泌物排出。
抗生素类药物：
细菌性鼻窦炎常用： 对于细菌感染引起的鼻窦炎，常用阿莫西林克拉维酸钾。一般成人常用剂量是一次0.375 - 0.75克，每8小时或12小时服用一次，但儿童需按体重计算剂量，2 - 12岁儿童按体重一次20 - 45mg/kg，每12小时一次。不过对青霉素类药物过敏者禁用。大环内酯类可选： 如罗红霉素，也可用于鼻窦炎的治疗，尤其适用于部分慢性鼻窦炎患者，可小剂量长期使用，比如一次150mg，一天一次，但也有胃肠道不适等副作用可能，需注意观察。
鼻用糖皮质激素：
布地奈德鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜的炎症反应，缩小鼻甲，改善鼻腔通气和引流。成人一次每侧鼻孔2喷，一天1次；6岁以上儿童一次每侧鼻孔1喷，一天1次。使用时要注意正确的喷鼻方法，而且一般连续使用不超过3个月，长期使用可能有鼻黏膜干燥等风险。糠酸莫米松鼻喷雾剂： 同样属于鼻用糖皮质激素，适用于成人和3岁以上儿童。成人一次每侧鼻孔1喷（50μg），一天1次；3 - 11岁儿童一次每侧鼻孔1喷（50μg），一天1次。使用时要避免喷到鼻中隔等部位，部分人可能出现鼻痛、鼻出血等不良反应。
黏液促排剂：
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，增加黏液分泌，使黏液易于排出。成人一般一次0.3克，一天3 - 4次；儿童需根据年龄和体重调整剂量，比如4 - 10岁儿童一次0.12克，一天2 - 4次。服用时要用温水送服，不能打开或嚼破胶囊。桃金娘油肠溶胶囊： 也能调节黏液分泌，促进呼吸道黏膜纤毛运动，帮助排出分泌物。成人一次0.3克，一天2 - 3次；儿童用药需在医生指导下进行，可能出现胃肠道不适等情况，如恶心、呕吐等。