强直性脊柱炎可能引发多种并发症，其中眼部并发症较为常见，约25%的患者会出现葡萄膜炎或虹膜炎，一般是单侧发病，还可能反复发作。
骨骼肌肉系统并发症
脊柱畸形：随着病情进展，患者脊柱可能逐渐出现畸形，严重时弯腰、转头等活动都会受限。比如部分患者会呈现出驼背的畸形状态，影响身体外观和正常活动功能。髋关节病变：约有1/4的强直性脊柱炎患者会发生髋关节受累，导致髋关节疼痛、活动受限，进而影响行走等日常行动能力，使患者的生活质量大打折扣。
心血管系统并发症
主动脉瓣病变：少数患者会出现主动脉瓣关闭不全等心血管系统问题，早期可能没有明显症状，随着病情发展，可能会出现心悸、气短等表现。通过超声心动图等检查可以发现主动脉瓣的异常情况。传导阻滞：部分患者还可能出现心脏传导阻滞，影响心脏的正常节律，严重时需要进行相应的医疗干预来维持心脏的正常功能。
肺部并发症
肺间质病变：长期患病的强直性脊柱炎患者，肺部也可能受到影响，出现肺间质病变，表现为咳嗽、咳痰、呼吸困难等症状，而且病情可能会逐渐进展，影响肺部的气体交换功能。上肺叶纤维化：有些患者会出现上肺叶纤维化，这会进一步加重肺部的损害，使患者的呼吸功能进一步下降，给患者的健康带来较大威胁。