尿分叉的治疗需根据不同病因来定。如果是生理性尿分叉，一般无需特殊治疗。比如长时间憋尿后，膀胱内压力大，排尿时可能出现暂时尿分叉，及时排尿后多可缓解。
因炎症引起的治疗
尿道炎导致的尿分叉： 若由细菌感染引起尿道炎出现尿分叉，可使用抗生素治疗。像左氧氟沙星等喹诺酮类抗生素有一定抗菌作用，但18岁以下人群一般不建议使用喹诺酮类药物，因为可能影响软骨发育。前列腺炎引发的尿分叉： 慢性前列腺炎也可能导致尿分叉。对于细菌性前列腺炎，同样可选用抗生素，如头孢类抗生素，不过对头孢过敏者禁用。同时，可配合温水坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，有助于缓解前列腺充血，改善尿分叉症状。
因结石等梗阻因素导致的治疗
尿道结石造成的尿分叉： 如果是尿道结石引起尿分叉，较小的结石可通过大量饮水，每天保证尿量在2000毫升以上，促进结石排出。而较大的结石可能需要进行手术取石，如尿道镜下取石术等。膀胱结石导致的尿分叉： 膀胱结石也可能引发尿分叉，对于较小的膀胱结石，可通过体位排石等方法，比如跳绳等运动，帮助结石排出；较大的膀胱结石则可能需要做膀胱镜取石或开放性手术取石。
因前列腺增生等情况导致的治疗
前列腺增生引起的尿分叉： 前列腺增生多见于中老年男性。症状较轻的可使用α受体阻滞剂，如坦索罗辛，它能松弛前列腺和膀胱颈部平滑肌，改善排尿困难，从而缓解尿分叉，但可能会有头晕、低血压等不良反应，用药时需密切关注。对于症状严重、药物治疗效果不佳的患者，可能需要考虑手术治疗，如经尿道前列腺电切术等。