眼皮上的扁平疣可通过多种方法治疗，包括外部涂抹药物、冷冻治疗以及激光治疗。具体如下：
一、涂抹药物：
1.干扰素软膏：可局部使用，其能发挥抗病毒作用。
2.咪喹莫特乳膏：具有抗病毒功效，有助于扁平疣的改善。
3.酞丁安搽剂：是一种抗病毒药物，可用于涂抹治疗。
二、冷冻治疗：若药物治疗效果不理想，或是疣体较大、瘙痒感显著时，患者可前往医院进行液氮冷冻治疗。
三、激光治疗：当扁平疣的疣体较大且瘙痒感明显，导致眼部皮疹增多，必要情况下可采取激光烧灼治疗，直接将疣体烧毁，随后需使用抗菌消炎药物处理患处，以防出现继发性感染。
总之，眼睛部位长扁平疣的患者应及时前往医院，明确病情后，依据病情严重程度选择适宜的治疗方法。在治疗期间需注意避免患处碰水，切勿过度抓挠，以防止感染。